Göm menyn

 

Cellkärnan

 Cellk

Cellkärnan ligger på plan 09 i Cellbiologihuset men tillhör rent organisatoriskt Core Facility.
Cellkärnans lab tel: 010-1032682
.

Personal till din hjälp

Molekylärbiologi:

Annette Molbaek, tel: 010-1032663
Åsa Schippert, tel: 010-1032663
 

Upplärningsavgift för externa användare är 600 kr.

Farmakologen (PyroMark)

Henrik Green, tel: 010-1031544
Ingrid Jakobsen Falk, tel: 010-1032029

Brukargrupp på Cellkärnan: Peter Söderkvist (ordförande), Stefan Thor, Jon Jonasson, Mikael Benson, Åsa Schippert (adjungerad), Annette Molbaek (adjungerad).


Instrument för molekylärbiologi:


3500 Genetic Analyzer

3500 8-Bild1kapillär plattform:

Exempel på applikationer:
• Sekvensering
• Mikrosatelliter
• MLPATM
• LOH
• SNP
Läs mer på www.appliedbiosystems.com

 
Prislista:
Intern användare: Grundavgift: 1-8 prover/run : 15 kr/prov, max. 80 kr. (ingår: polymer, buffertlösningar och plast). > 8 prover/run : 10 kr/prov (ingår: polymer, buffertlösningar och plast).
Extern användare: Grundavgift: 30 kr/prov (ingår: polymer, buffertlösningar och plast).


Sekvensering:
• Du kan välja att köpa egna reagenser och göra allt själv och bara betala grundavgift.
• Du kan välja att köpa reagenser från Cellkärnan och göra sekvensreaktionen själv: 70 kr/prov (ingår: Big Dye Terminator reagens, Exo-SAP-IT, "post reaction clean up" av personal på Cellkärnan).
• Du kan välja att lämna in templat och primer samt köpa tjänsten av personal på Cellkärnan; 130 kr/prov (ingår: sekvensreaktion, Big Dye Terminator reagens, Exo-SAP-IT, "post reaction clean up" av personal på Cellkärnan).
• Enbart "post reaction clean up" av personal på Cellkärnan: 10 kr/prov.

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur


WAVE

Transgenomic WAVE Nucleic Acid Fragment Analysis System är ett fullautomatisk HPLC-system, utvecklat för att snabbt kunna utföra analyser som:Wave
• SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
• Identifiering av mutationer
• Rening av primer och probe
• DNA rening

Det finns två typer av kolonner: DNASepColumn och DNASepHTColumn (High throughput), där analystiden är 10 min. respektive 4 min.

HPLC kolonnen är känslig för detergent och andra tillsatser som kan finnas i PCR reaktionsbufferten. Det är därför viktigt att följa dessa rekommendationer.

PCR reagens som är kompetiva med WAVE systemet:
AmpliTaq (PE), Taq Gold (PE), Pwo DNA Polymerase (BM), Hot Start Taq (Qiagen), Qiagen Taq DNA Kit, Qiagen Taq PCR Core Kit, Taq Gold (9x), Pfu (1x) (Taq Gold Buffer), Taq DNA Polymerase (Invitrogen, #18038-034), Transgenomic Optimase Polymerase (#703045).
Vi använder 0.2 ml Thermo-Strip (Kebo, #AB-0266).

Använd inte följande enzymer/kit:
Pure Taq "Ready-To-Go" PCR beads (Amersham)

Läs mer på www.transgenomic.com

Prislista:
Självbetjäning: 300 kr/körning + 5 kr/prov (injektion)
Analyshjälp: 600 kr/körning + 5 kr/prov (injektion)
Extern användare: 800 kr/körning + 5 kr/prov (injektion)
Specialanalyser som Primer Extension, kostar 10 kr/prov (injektion).
Vill du samtidigt använda HSX-detektorn (inkl staining solution) tillkommer en avgift på 100 kr och 5 kr/prov (injektion).

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur


7500 Fast Real-Time PCR system

 

Applikationer: Absolut kvantifiering, relativ kvantifiering, alleldiskriminering +/- detektion.

Kapacitet: 96-håls fast PCRplatta.7500

PCR kan köras i fast läge med fast mastermix på 30-40 min, eller i standard läge med den vanliga mastermixen på ca 2h.

Utrustad med 5 emissionsfilter som tar: SYBR® Green I, FAM™, VIC™, JOE™, NED™, TAMRA™, ROX™, Texas Red®, Cy3™, Cy5™.

Läs mer på www.appliedbiosystems.com

Maskinen kan användas fritt efter bokning med självbetjäning.

Prislista (Extern användare): 200 kr/platta.

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur

7900HT Fast Real-Time PCR System

96fast- or 384-well plate compatibility (the TaqMan® Low Density Array).7900

Fast PCR option reduces run time to about 35 minutes in a standard 96-well format.

A laser scans and excites the fluorescent dyes in each of the wells.
Continuous wavelength detection from 500-660 nm allows the use of multiple fluorophores in a single reaction.

Maskinen kan användas fritt efter bokning med självbetjäning.

Prislista (Extern användare): 200 kr/platta.

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur

 

 


 GS Junior System - 454 Sequencing

454 sequencing
System Workflow

One Fragment = One Bead = One Read
The complete sequencing workflow of the GS FLX and GS Junior System comprise of four main steps, leading from purified DNA to analyzed results. The basiic steps include:
• Generation of a single-stranded template DNA library
• Emulsion-based clonal amplification of the library
• Data generation via sequencing-by-synthesis
• Data analysis using different bioinformatics tools

Sequencing applications

• Aplicon Sequencing: Targeting sequencing of 10¿s - 100¿s of samples and loci
• Sequence Capture: Targeted sequencing of custom array regions
• Whole Genome Sequencning: De novo sequencing and resequencing og microbial organisms (bacteria, fungi, viruses)
• Metagenomics: Characterization of complex environmental samples; pathogen discovery
• Transcriptome Sequencing: Full-length sequencing and de novo assembly of transcripts

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur

 


MiSeq Benchtop Sequencer from Illumina (NGS)MiSeq

MiSeq2

 

 

 

 

With MiSeq, you can:

  • Multiplex up to 96 samples per run for greater efficiency.
  • Get accurate bi-directional amplicon sequencing.
  • Generate complete de novo assemblies.
  • Produce 2 x 300 paired-end reads and up to 15 Gb of data in a single run.

För mer information: http://www.illumina.com/systems/miseq.ilmn

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur

Extern användare 600 kr/run

 


 

Agilent Bioanalyzer 2100

Agilent

Varje grupp köper egna kit!

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur

 

 

 

 

 

 


Affymetrix Microarray

Läs mer på www.affymetrix.comAff

DNA:
Självbetjäning: 300 kr/chip
Extern användare: 900 kr/chip

EXP:
Extern användare: 600 kr/chip

Bokning av instrumentet: Bokning av apparatur

Analysprogrammet Array Assist

Boka programmet: Bokning av apparatur


FUJIFILM imager FLA-5000

 Imstrumentet användes för att scanna geler, t ex 2D elektroforesgeler. Scanningytan är 40 x 46 cm med en pixelupplösning av 25 µm.Fuji

Detekteringsmetoder:
Fluoroscence
Chemiluminescence
Isotoper

Läs mer på www.fujifilm.com/index.html

 

 

 

 


QIAGEN Tissue Lyser

 For high-throughput disruption of a wide range of biological samplesQia
• Fast - disruption of up to 48 samples in as little as 2-4 minutes
• Disruption is achieved through the beating and grinding effect of beads
• Cross-contamination-free – closed system prevents tube-to-tube carryover
• Reproducible – highly standardized disruption methods
• Flexible – compatible with different sample types and disruption buffers
• Integrated – part of QIAGEN’s tissue-management system from collection/stabilization to purification

You have to buy your own QIAGEN kits and Beads, suitable for use with the TissueLyser system.

Läs mer på www.qiagen.com

 


epMotion 5070

epMotion 5070 är en pipetteringsrobot där användare kan skriva egna program för att bereda 96-hålsplattor för PCR. Två pipetter finns tillgängliga, 1-50ul samt 40-1000ul. Spetsar köps in individuellt av varje användare.

Bokning av instrument

 

 

 

 


Biomek 2000

Biomek 2000 är en pipetteringsrobot för små volymer. Användare kan skriva egna program för roboten. Två åttakanalspipetter finns tillgängliga, 2-20ul samt 5-200ul. Tre singelkanalspipetter finns också, 2-20, 5-200 och 50-1000ul. Roboten kan hantera 96-håls och 384-hålsplattor samt olika provrör. Spetsar köps in individuellt av varje användare.

 

Bokning av instrument


Quantus Fluorometerquantus

A sensitive single tube fluorometer for fluorescence based quantitation of DNA and RNA.

Fluorescence-based nucleic acid quantification methods are more sensitive than absorbance-based methods, allowing you to quantitate low-level DNA samples accurately.

 

 

 

 

Bokning av instrument


PyroMark (Klinisk farmakologi, hus 420)

För att köra instrumentet krävs att man genomgår en utbildning för att få körkort på det. En lista på personer som har behörighet att genomföra utbildningen finns vid instrumentet. Kontaktperson: Ingrid Jakobsen Falk, tel 010-1032029, ingrid.jakobsen.falk@liu.se


PyroMark Q96 MD

Apparat
PyroMark är en realtids sekvenseringsutrustning baserad på pyrosekvensering där 96 prover sekvenseras parallellt. Läslängder omkring 30 - 50 baser från första basen efter sekvenseringsprimer. En klar fördel är att man får ett pyrogram som kvalitetskontroll.

Ytterligare info

Applikationer:

• SNP
• DNA-metylering
• Sekvensering

Kostnad:
Kontakta Ingrid Jakobsen Falk för kostnad per körning. Lösningar till preparationsstationen och buffertar ingår. Plaster, reagens och sepharose kulor får användaren själv anskaffa.

Bokning av instrumentet: Bokningslista finns utanför lokalen.

 


Sidansvarig: mikael.pihl@liu.se
Senast uppdaterad: 2016-05-31