Göm menyn

Single cell analysis using flow and mass cytometry, 3 credits (8FO0099)

Flödes- och masscytometrisk analys av enskilda celler, 3 hp

Entries/Anmälan

Time/Tid: Weeks 2-4 (January 11-27) 2021 / Vecka 2-4 (11-27 januari) 2021

Application open until December 1. Ansökan öppen t o m 1 december.

Contents / Innehåll

Flow cytometry is the method of choice when single cell multiplex analysis of protein receptors are to be examined with fluorochrome labelled antibodies. Unfortunately problems with spectral overlap occur from the different fluorochromes necessitating colour compensation. This will in practice restrict experiments to analysing only 12-16 proteins on a single cell level. A mass cytometer or Cytometry by Time-Of-Flight (CyTOF), however, has the capacity to analyze up to 40 proteins at a single cell level. This is made possible by utilizing rare earth metals conjugated to antibodies instead of fluorochromes. The different masses of the individual metals are easily detected by the time-of-flight mass spectrometer thus rendering the need for compensation unnecessary.

This course is an introduction to mass cytometry. The participants will be trained to compare mass cytometry and flow cytometry methods. Lectures will cover various aspects such as processing data for the analysis and an overview of available methods for the analysis.

 

Kursen är en introduktion i en ny analytisk teknik, så kallad masscytometri, som används för att studera flera proteiner på singel-cell nivå. På kursen kommer deltagarna att få färdighet i att jämföra masscytometriska respektive flödescytometriska metoder. Föreläsningar täcker flera olika aspekter, bland annat hur man processar data för efterföljande analys samt vilka olika analysmetoder som finns tillgängliga.

 

Admission requirements / Förkunskapskrav

To qualify for studies on third-cycle education courses, you must have a:

  • second-cycle degree,
  • 240 credits in required courses, including at least 60 second-cycle credits, or
  • acquired equivalent knowledge in some other manner

For this course you are also required to have experience of multi-parameter flow cytometry. Priority will be given to those who have a planned and/or on-going mass cytometry project

 

Grundläggande behörighet till kurser på forskarutbildningsnivå har den som har

  • avlagt en examen på avancerad nivå,
  • fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller
  • på något annat sätt förvärvat motsvarande kunskaper.

För denna kurs krävs dessutom erfarenhet av multiparametrisk flödescytometri. Sökande som planerar eller är involverad i ett projekt inom masscytometri kommer att ges förtur till kursen.

 

Learning outcomes / Lärandemål

By the end of the course the students will be able to:

Knowledge and understanding

  • Account for the underlying mass cytometry technology and how the Cytometry by Time-Of-Flight(CYTOF) instrument works
  • judge the pros and cons of flow and mass cytometry methods
  • account for different analytic methods for the evaluation of mass cytometry data

Competence and skills

  • plan and design a mass cytometry experiment in detail
  • choose relevant methods for the analysis of mass cytometry data

Judgement and approach

  • take a critical approach regarding when to apply mass cytometry.

 

Efter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

Kunskap och förståelse

  • Redogöra för den bakomliggande teknologin för masscytometri och hur Cytometry by Time-Of-Flight(CYTOF)-instrumentet fungerar.
  • bedöma fördelar och nackdelar med flödes- respektive masscytometriska metoder.
  • redogöra för olika analytiska metoder för utvärdering av data erhållna med masscytometri.

Färdighet och förmåga

  • planera experiment på detaljerad nivå.
  • välja metoder för att bearbeta och analysera data erhållna med masscytometri

Värderingsförmåga och förhållningssätt

  • inta ett kritiskt förhållningssätt till när masscytometri ska tillämpas.

Syllabus

Kursplan

 

Educational methods / Undervisnings- och arbetsformer

The pedagogical approach applied at the Faculty of Medicine and Health Sciences is student centered, problem based learning (PBL). The student takes responsibility for his/her own learning, and seeks and evaluates information and knowledge based on own queries and formulated problems. The role of the teacher is to guide and support the students.

 Educational methods applied in this course are lectures, literature studies, demonstrations and webinars. 

The course is taught in English.

 

Inom Medicinska fakulteten utgör det studentcentrerade och problembaserade lärandet grunden i undervisningen. Studenten tar ett eget ansvar för sitt lärande genom ett aktivt och bearbetande förhållningssätt till lärandeuppgifterna. Lärarens roll är att stödja studenter i detta arbetssätt.

Undervisnings- och arbetsformer i denna kurs är föreläsningar, individuella litteraturstudier, demonstration samt webinar.

Kursspråket är engelska

 

Examination / Examination

The examination consists of a written report, assessed on individual level. To pass the course, participation in lectures, demonstrations and webinars is also required.

 

Examinationen utgörs av en skriftlig hemuppgift som bedöms individuellt. För godkänt resultat krävs därutöver deltagande på föreläsningar, demonstration samt webinar.

 

Grading / Betygsskala

Pass or Fail

Godkänd eller Underkänd

 

Recommended reading / Rekommenderad litteratur

The course coordinator will provide a list of relevant literature before the start of the course.

Kursgivaren kommer att tillhandahålla en förteckning över relevant litteratur före kursstart.

 

Course schedule / Schema

For information about the course schedule, contact the course coordinator, se below.

För ytterligare information om schemat, kontakta kursansvarig, se kontaktuppgifter nedan.

 

Course administration / Kursadministration

Course coordinator/Kursansvarig: Jörgen Adolfsson

Examiner/Examinator: Marie Larsson

Course administration/Kursadministratör: Sonia Lander

 


Sidansvarig: siw.carlfjord@liu.se
Senast uppdaterad: 2020-09-07